A primeira reforma judicial é apresentada por Mouzinho da Silveira, Ministro e Secretário de Estado dos Negócios Eclesiásticos e de Justiça, através do Decreto de 16 de maio de 1832.  O relatório que o acompanha realça os quatro princípios orientadores da reforma: a) separação de poderes; b) eficiência da justiça; c) obrigatoriedade da participação popular na administração da justiça; d) prevalência da conciliação na resolução dos litígios. Territorialmente, o país é dividido em círculos judiciais e estes em comarcas que, por sua vez, se subdividem em julgados e os julgados em freguesias. 

Na década de 30 verifica-se nova reforma, agora em dois momentos: o primeiro, por Decreto de 29 de novembro de 1836, relativo “à divisão judicial do território e à organização do pessoal para a administração da justiça”, divide o território em comarcas, estas em julgados e estes em freguesias, mantém as alterações de 1835 com a concentração da segunda instância nos distritos das Relações de Lisboa e do Porto e de Ponta Delgada para as ilhas adjacentes; o segundo momento, por Decreto de 13 de janeiro de 1837, estabelece as regras de processo civil e criminal. O relatório do decreto de 1836 enuncia os três objetivos da reforma: a) proximidade da justiça aos cidadãos; b) celeridade na resolução das causas; c) e clareza da ordem jurídica. 

Segue-se em 1841 uma nova reforma, que fica conhecida pela “Novíssima Reforma Judicial” (Decreto de 21 de maio de 1841). Mantém-se a mesma divisão judicial e a mesma composição organizacional do exercício da função judicial da reforma de 1836, introduzindo, contudo, três mudanças significativas: a) previsão em cada comarca, de um tribunal de polícia correcional; b) criação do cargo de sub-delegado, ao nível dos julgados, junto dos juízes ordinários; c) redução da participação popular na administração da justiça. 

Em 1891, pelo Decreto de 2 de dezembro, são recriados os círculos judiciais.  Determina-se a divisão do país continental em 18 círculos, estes em comarcas e estas em juízos de paz. Na sede de cada um dos círculos será criado um tribunal da relação de 2.ª classe, com a denominação de tribunal coletivo.  No relatório que acompanha este Decreto, explicitam-se os motivos para a nova reforma, estando subjacente a morosidade da administração da Justiça: “a atual organização dos nossos tribunais não oferece garantias suficientes para a rápida administração da justiça (…) há processos que se eternizam nos tribunais, há pleiteantes que esperam meses e anos o julgamento das suas causas, há réus que são declarados inocentes depois de terem sofrido uma longa pena de prisão.”

Mouzinho da Silveira, em plena guerra liberal, durante o governo da Regência do Reino estabelecida na Ilha Terceira, define a organização administrava e judicial do território. Logo no Decreto de 16 de maio de 1832 é efetuada a primeira menção ao registo civil, marca do liberalismo, em oposição ao controlo e registo dos cidadãos efetuado nas paróquias. Ao Provedor do Concelho, figura criada pelo Decreto de 16 de maio de 1832, é atribuída a competência do registo civil da população.

O exercício desta competência, com o Decreto de 18 de julho de 1835, referendado pelo Ministro Rodrigo da Fonseca Magalhães, virá a passar para o, então criado, Administrador do Concelho – funcionário escolhido pelo governo, sobre lista feita por eleição direta e pela mesma forma das eleições das Câmaras Municipais – que fica responsável pela “redação e guarda do registo civil, pela qual a autoridade pública atesta e legitima as épocas principais da vida civil dos indivíduos, a saber: o nascimento, casamento e óbito.” 

Todavia, reserva para regulamento especial a execução deste preceito.

O Código Administrativo de 1836, referendado por Passos Manuel, estatui que o registo civil continue a ser feito pelos párocos, enquanto o governo não publica os modelos para o mesmo registo e não determina quando deve passar para as autoridades administrativas.

O Código Administrativo de 1842 estabelece novamente o registo civil, mas também o deixa dependente de regulamento.

Verificam-se, assim, grandes dificuldades para levar a cabo esta secularização do registo e, pelo Decreto de 19 de agosto de 1859, o Estado reconhece a vantagem da manutenção do registo paroquial. No diploma, apesar de se assumir que faltam formulários nas dioceses, que falham declarações e dados indispensáveis para os registos, que não há fiscalização e que a sua conservação é inadequada, o Estado limita-se a tentar eliminar as principais deficiências deste registo e a subordinar a sua realização a princípios jurídicos uniformes, que assegurem a sua regularidade e fiscalização, tentando reger o “registro parochial em harmonia com as prescrições da Lei civil”. Assim, o registo civil passa a ser obrigatório, mas continua a ser efetuado pelo pároco da paróquia em livro numerado pelo “Provisor ou Vigário Geral”.

Em 1867, com o novo Código Civil, verifica-se uma alteração profunda. Estipula-se que o registo civil constitui prova jurídica, expressando claramente a função deste registo e revolucionando o sistema jurídico da época. Afirma-se que “os factos de nascimento, casamento e óbito provam-se pelo registo público instituído para esse fim”, ou seja, o registo civil. 

Mas só em 1878 existirão novidades. O governo cria uma Direção-Geral de Registo Civil e Estatística, na dependência da Secretaria de Estado dos Negócios Eclesiásticos e de Justiça, com uma repartição com funções relativas à organização e serviço do registo civil e à inspeção do registo civil e do eclesiástico.

Esta Direção-Geral será responsável pela apresentação do Regulamento do Registo Civil, Decreto de 28 de novembro de 1878, dando corpo ao disposto no artigo 2457.º do Código Civil de 1867 (“A parte organica das repartições do registo civil, as obrigações dos funccionarios encarregados do registo e a fórma deste, serão determinados em regulamentos especiaes”). Este regulamento, porém, limitar-se-á ao registo dos atos respeitantes aos súbditos portugueses não católicos, confiado aos administradores dos concelhos. O registo para os católicos continuará a ser escriturado pelos párocos.

Na discussão que precede a aprovação deste diploma, afirma-se que “o registo não deixa de ser civil, segundo a classe do funcionário a quem se confia, mas segundo os efeitos que produz. O registo paroquial (…) produz todos os efeitos que se deduzem do registo dos não catholicos escriturado na administração do concelho”.

Seria necessário esperar pela República e pela Lei da Separação da Igreja do Estado, de 1911, para que o registo civil, baluarte da revolução liberal, definitivamente passasse a ser secular e realizado nas Conservatórias do Registo Civil. 

Em janeiro de 1873, tem início nos tribunais de 1.ª instâncias e nas secretarias dos Tribunais da Relação de Lisboa, Porto e Ponta Delgada, o registo criminal, instituído por decreto de 8 de novembro de 1872.

O denominado “registo hipotecário”, criado pelo Decreto de 26 de outubro de 1836, que estabelece a obrigatoriedade do registo de hipoteca e outros factos, estará na origem do registo predial. Com a publicação da primeira Lei Hipotecária, em 1 de julho de 1863, alarga-se o âmbito do registo ao domínio da propriedade, aos ónus reais e às ações. Consagra-se o princípio da publicidade, ao determinar que, se não for efetuado o registo do direito, não se pode fazer valer esse direito contra outro que tivesse efetuado o registo, mesmo sendo posterior. 

O Código Civil de 1867 virá a determinar as normas definitivas sobre o registo, cuja última forma fora dada pelo Regulamento do Registo Predial de 14 de maio de 1868, já com António Luís de Seabra e Sousa na pasta da Justiça. O Regulamento estabelece que continua a haver conservatórias em cada concelho, enquanto se não puderem instituir conservatórias privativas, segundo a circunscrição territorial mais conveniente. Estabelece ainda que continua a haver um conservador privativo em cada um dos distritos
criminais em que se dividem as comarcas judiciais de Lisboa e Porto.

O Regulamento de Registo Predial de 28 de abril de 1870 vem organizar as conservatórias privativas e as funções dos conservadores. Pelo Regulamento de 20 de janeiro de 1898, regulam-se e simplificam-se as operações de registo.