A carta de Lei pela qual D. Luís sanciona o Decreto das Cortes Gerais de 26 de junho de 1867, que aprova a reforma penal e das prisões, substitui a moldura penal remanescente do antigo regime – penas de morte, trabalhos públicos perpétuos ou temporários, e prisão maior perpétua – e institui um novo sistema de penas de prisão maior em regime celular contínuo, com absoluta e completa separação, de dia e de noite, entre os condenados, sem qualquer comunicação entre eles. Tal sistema implicou a adoção de novas estruturas, as cadeias penitenciárias, bem distintas das enxovias, calabouços ou masmorras, onde até então eram cumpridas, sem condições físicas ou morais, as condenações. Todavia, a total ausência de contacto acarretou o uso de um capuz que cobrisse o rosto do prisioneiro quando este saísse da cela.

A resposta inicial à necessidade de institucionalização de menores para aplicação de medidas corretivas veio a materializar-se na criação, em 15 de junho de 1871, da primeira Casa de Detenção e Correção de Lisboa para menores do sexo masculino, que entraria em funcionamento em 20 de outubro de 1872.

Todavia, o ambiente severamente repressivo, aliado à diminuta duração das penas dos menores,  não eram propícios à colocação em prática da missão educadora e reformadora a que estas instituições estavam destinadas.

No sentido de suprir esta carência, em 1878, foi apresentado um projeto de criação de mais duas casas de detenção e correção e a fundação de uma Colónia Agrícola. Esta ideia só viria a concretizar-se pela Lei de 22 de junho de 1880, que autorizou a criação da
Escola Agrícola de Vila Fernando.

É uma primeira tentativa de passagem da criminalização da miséria para um contexto de uma política social, em que o Estado aparece como promotor da proteção aos menores desvalidos e delinquentes. Contudo, o avultado número de internados que povoam estas instituições e as que sucessivamente vão sendo criadas, e as equipas de profissionais com pouca competência em matéria de reeducação, rapidamente dão lugar a uma disciplina severa, que em nada contribui para a mudança dos menores e a transformação moral pretendida.

A Carta de Lei de 17 de agosto de 1899 cria os Serviços Médico-Legais em Portugal. O país é dividido em três circunscrições (Lisboa, Porto e Coimbra), onde deveriam ser criadas morgues com funções não apenas periciais, mas também de ensino prático da medicina legal. Cria também o lugar de médico antropologista criminal nas cadeias civis de Lisboa e Porto. A Lei estabelece, ainda, o funcionamento de um Conselho Médico-Legal em cada uma destas circunscrições.

Com este diploma, é assumida a criação de um serviço que, através da utilização de conhecimentos técnico-científicos da medicina, suporta o esclarecimento de factos de interesse para a administração da Justiça. É também um primeiro passo no estudo da criminalidade em Portugal.