As preocupações com o sistema prisional e o registo criminal assumem posição de destaque neste período inicial do Estado Novo.

No ano de 1935, a Direção-Geral dos Serviços Prisionais assume os Institutos de Criminologia de Lisboa, Coimbra e Porto e a competência no tratamento estatístico dos dados da criminalidade passa para o Instituto Nacional de Estatística.

A Reforma da Organização Prisional de 1936 (Decreto-Lei nº. 26.643, de 28 de maio de 1936), dá início a uma fase em que sobressai a importância do acompanhamento ao recluso e a sua reinserção na comunidade.

Este principio de sujeição da execução de penas a uma ressocialização passaria mais tarde, em 1954, a constar claramente na lei (Decreto-Lei nº 39.922, de 24 de novembro de 1954). Mais do que punir, a pena deveria possibilitar a reabilitação dos indivíduos, ou seja, “não tornar piores aqueles que entram no estabelecimento prisional e, se possível, melhorá-los, por maneira a regressarem à vida social livre ou readaptados ou pelo menos inofensivos”.

Ainda em 1936, é também criado junto dos estabelecimentos prisionais com mais população a categoria dos assistentes sociais, com o propósito de estudar os presos, estimular a sua readaptação social e preparar a reaproximação à família.

A reforma de 1936 foi, igualmente, importante na medida em que estabeleceu os regimes penitenciários apropriados aos diferentes estabelecimentos, tendo em conta vários aspetos tais como o tipo de pena, o tipo de crime, a idade do recluso, etc.

No âmbito desta reforma é criada a Comissão de Construções Prisionais para resolver as “péssimas” – como foram designadas pelo Decreto-Lei 26.643 – condições de construção, instalação e localização das prisões. No seu artigo 210º refere-se que nenhum estabelecimento prisional poderá ser construído, instalado ou alterado sem um plano elaborado por esta Comissão, que funcionará junto do Ministério das Obras Públicas e terá de ter a aprovação do Ministério da Justiça por intermédio da Direção-Geral dos Serviços Prisionais. Compete, ainda, à Comissão a escolha e aquisição dos terrenos ou prédios, bem como proceder a expropriações, elaborar programas, aprovar projetos e fiscalização das obras em colaboração com a Direção-Geral dos Edifícios e Monumentos Nacionais (Lei nº 1.968, de 19 de maio de 1938).

Entre 1940 e 1972, a Comissão das Construções Prisionais, através do Ministério das Obras Públicas e Comunicações colocou em funcionamento cerca de setenta e oito novas cadeias comarcãs, em Águeda, Albufeira, Alcobaça, Alenquer, Alijó, Amarante, Anadia, Angra do Heroísmo, Aveiro, Arganil, Beja, Braga, Bragança, Caldas da Rainha, Cantanhede, Castelo Branco, Castro Daire, Celorico da Beira, Chaves, Cinfães, Covilhã, Elvas, Estarreja, Évora, Fafe, Faro, Feira, Felgueiras, Figueira de Castelo Rodrigo, Fronteira, Fundão, Guimarães, Gouveia, Guarda, Horta, Ilha do Faial, Lagos Leiria, Loulé, Macedo de Cavaleiros, Melgaço, Miranda do Douro, Mirandela, Mogadouro, Moimenta da Beira, Monção, Moncorvo, Montalegre, Montemor-o-Novo, Montijo, Moura, Odemira, Olhão, Oliveira de Azeméis, Oliveira do Hospital, Paredes Penafiel, Pombal, Ponte de Lima, Ponta do Sol, Portimão, Porto de Mós, Redondo, Resende, Sabugal, São Pedro do Sul, Santa Comba Dão, Setúbal, Silves, Soure, Tomar, Torres Novas, Torres Vedras, Viana do Castelo, Vieira do Minho, Vila Nova de Famalicão, Vila Real, Vila Real de Santo António, Vila Verde, Vimioso e Vouzela.

Em 1944, sob a dependência direta do Ministro, surgem a Comissão e a Inspeção do Trabalho Prisional e Correcional. O programa de trabalhos públicos implementado a partir de então, num contexto de apoio social aos presos, e que há muito estava pensado, teve finalmente desenvolvimentos no pós-guerra.

Pretendia-se com esta Comissão regulamentar o trabalho dos presos e dos menores internados; elaborar as bases da reforma administrativa das explorações industriais e agrícolas dos estabelecimentos prisionais e jurisdicionais de menores; estudar a reorganização económica e financeira das explorações de forma a não sobrecarregar o orçamento do Estado; planear a organização de campos de trabalho e o destacamento dos indivíduos a cumprir penas ou medidas de segurança; promover a organização das oficinas, o seu apetrechamento e exploração; planear o recurso à mão de obra prisional em obras públicas do Estado e estudar as bases dos acordos a efetuar com as entidades competentes; elaborar um sistema de contabilidade industrial e agrícola a aplicar uniformemente nos estabelecimentos com explorações e, reorganizar os serviços de serviço social para melhor acompanhar a integração no trabalho dos antigos presos e internados.